En 1914, le protectorat français décide de construire « l’École primaire François Baudoin », qui depuis n’a cessé de se développer et de changer de noms : en 1943, elle devient « l’École de Pédagogie », puis « l’Institut National de Pédagogie »; en 1957 et en 1965, elle se transforme en « Faculté de Pédagogie ».

Avant 1975, l’école avait pour mission de former les fonctionnaires de l’Éducation. A l’époque de l’École de Pédagogie (1943), le public était composé des instituteurs de tout le pays. De 1958 à 1965, l’Institut National de Pédagogie a eu pour mission de former les professeurs de l’enseignement secondaire du 1er cycle de toutes les matières pour tout le pays. De 1965 à 1975, la Faculté de Pédagogie a conservé la même mission à laquelle s’est ajoutée, en 1968, la formation des Inspecteurs de l’enseignement Primaire. Il faut rappeler qu’à l’époque, la formation des inspecteurs du secondaire n’existait pas encore et la formation des professeurs du second cycle se faisait à l’École Normale Supérieure qui se trouve actuellement à l’Institut des Langues Étrangères de l’Université Royale de Phnom Penh.

L’Institut National de l’Éducation a ainsi formé 2 992 professeurs du premier cycle et 66 inspecteurs du primaire. Pendant l’année universitaire 1974 à 1975, 141 professeurs du premier cycle et 14 inspecteurs du primaire étaient en formation. Malheureusement, ils n’ont pas pu passer les examens de sortie à cause de la prise du pouvoir par les Khmers rouges.

De 1975 à la fin de 1978, comme tous les établissements du pays, l’école est restée fermée.

Après 1979, l’école a ouvert de nouveau ses portes sous l’appellation « d’École de Politique du Ministère de l’Éducation », puis « d’École de Pédagogie et du Recyclage centralisé » en 1980, puis « d’École Supérieure des Cadres Éducatifs » en 1986. En 1993, elle retrouve son nom de « Faculté de Pédagogie », puis, enfin le 11 mars 2004, par le sous-décret royal n° 04 sdcr.ar, la Faculté de Pédagogie a été renommée par le Gouvernement Royal, Institut National de l’Éducation, pour répondre aux défis posés par le développement du système éducatif dans une société en phase de globalisation et sujette au développement des technologies et des sciences.